Το Συμβούλιο Εφετών Ιωαννίνων παραπέμπει τον Χρήστο Μαρκογιαννάκη σε δίκη θεωρώντας τον ηθικό αυτουργό για την παραμονή των τριών σπουδαστών στην Εστία της Γαλακτοκομικής Σχολής, ενώ έπρεπε να είχαν αποβληθεί από το ξεκίνημα της φοίτησής τους, δεδομένου ότι δεν κάλυπταν τις προϋποθέσεις να παραμένουν φοιτητές.
Όπως αναφέρεται σε δημοσίευμα της εφημερίδας Έθνος της Κυριακής, ο πρώην βουλευτής αντιμετωπίζεται σαν ηθικός αυτουργός της συγκεκριμένης παράβασης καθήκοντος, αλλά και μιας ακόμη, καθώς αναφέρεται ότι με παρέμβασή του, δόθηκε η δυνατότητα να μείνουν άλλοι δύο σπουδαστές, πέραν εκείνου για τον οποίο έκανε το τηλεφώνημα, για δύο σχολικές χρονιές δωρεάν στην εστία της Γαλακτοκομικής Σχολής ως οικότροφοι, αν και δεν είχαν τέτοιο δικαίωμα.
Οι παρεμβάσεις του Χρήστου Μαρκογιαννάκη δεν σχετίζονται με τα βασανιστήρια σε βάρος του Βαγγέλη Γιακουμάκη, ούτε προκύπτει ότι μεσολάβησε σε αυτό το σκέλος της υπόθεσης. Όμως, σύμφωνα με την ογκώδη δικογραφία προκύπτει ότι ανάμεσα στους φοιτητές που κακοποιούσαν τον Βαγγέλη Γιακουμάκη, ήταν και τρεις Κρητικοί, οι οποίοι παρέμεναν στη σχολή με παρέμβαση του Χρήστου Μαρκογιαννάκη. Επομένως, με κατηγορίες παράβασης καθήκοντος παραπέμπονται ο τότε διευθυντής της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων, της Εστίας, αλλά και ο πρώην βουλευτής Χανίων και υπουργός επί ΝΔ, Χρήστος Μαρκογιαννάκης.
Μάλιστα ο πρώην υπουργός είχε παραδεχθεί τότε το τηλεφώνημα στον διευθυντή της Σχολής, που έγινε 8 μήνες πριν από την εξαφάνιση του Βαγγέλη, κάνοντας λόγο για μια ανθρώπινη ενέργεια σε ανύποπτο χρόνο που δεν έχει καμία σχέση με bullying ή βασανισμούς και απέδωσε την πράξη του σε μια απλή προσπάθεια να μην αποβληθεί από τη σχολή ένα παιδί χαμηλών οικονομικών δυνατοτήτων.
Ο ίδιος είχε χαρακτηρίσει την ποινική δίωξη που ασκήθηκε σε βάρος του από τον εισαγγελέα Ιωαννίνων για την υπόθεση του Βαγγέλη Γιακουμάκη ως μία «χοντροειδώς μεθοδευμένη πολιτική δίωξη».
Σύμφωνα με το βούλευμα, το ένα κομμάτι της ηθικής αυτουργίας, είναι ότι ο πρώην βουλευτής, θέλοντας να προσπορίσει παράνομο όφελος στους τρεις φοιτητές που κατάγονταν από την Κρήτη, όπου ο ίδιος εκλεγόταν βουλευτής από το 1989, εξασφάλισε την παραμονή τους στην εστία, ενώ δεν δικαιούνταν να είναι οικότροφοι, με ζημιά του Δημοσίου, αφού επιβαρύνθηκε με τη στέγαση, διατροφή και εκπαίδευσή τους.
Το άλλο κομμάτι της ηθικής αυτουργίας αφορά την παραπομπή των τριών νεαρών στο Πειθαρχικό τον Μάιο του 2014 για φθορές που προκάλεσαν σε κοινόχρηστους χώρους της σχολής, χαράσσοντας τα ονόματα των χωριών τους στους τοίχους της εστίας. Μέσα από τοδικόγραφο-φωτιά, προκύπτουν οι παρεμβάσεις του πρώην βουλευτή τις ημέρες πριν από τη συνεδρίαση του Πειθαρχικού, τον Ιούνιο του 2014.
